文久三年。世间二分为倒幕派与幕府派，刀的时代被宣告结束的时代来临——幕末。作为刀剑男士刚刚显现的堀川国广，与过去在同一个主人的手下共同战斗的和泉守兼定在落雨的山道中疾驰着。刀剑男士是寄宿于刀上的念想通过审神者的激发之下、显现于世的『付丧神』。他们的使命是去打倒来自未来企图改变历史的『时间溯行军』，为了守护那“正确的历史”。迎来了新伙伴陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切与鹤丸国永的堀川国广、和泉守兼定两刃，在这动乱的时代之中，投身于与时间溯行军的战役。挥动着的刀刃上所倒映出的是光、抑或是影？刀剑男士，出阵。
